三岛通行证是你开启游戏中后期一个精彩篇章——七岛冒险的关键钥匙。拿到它之前，你的活动范围基本都在关都大陆那几个城市，但有了它，整个世界就好像叮的一下又打开了一扇新的大门，可以坐船去探索一系列全新的岛屿，每个岛都有独特的剧情、宝可梦和道具等着你。这张通行证不是消耗品，用一次就没了，而是永久性的权限凭证，一旦获得，就可以在枯叶市的码头反复使用，自由选择想要前往的岛屿。所以拿到手第一件事就是回到枯叶市的码头，找到那里的船或者船长对话，你会发现多出了新的目的地选项。
三岛通行证的核心功能就是解锁并允许你乘坐往返于各个岛屿之间的渡轮。在完成了红莲岛道馆的挑战后，你会遇到研究员正辉，他会邀请你一起乘船前往一之岛。在一之岛的宝可梦网络中心，完成与研究员阿锦的对话和简单任务后，他就会将三岛通行证交给你。这时候，你的城镇地图也会自动更新，增加了显示岛屿区域的新一页。你便可以随时返回枯叶市码头，与那里的服务员或船长对话，选择前往岛屿之类的选项，船就会载着你前往你已经解锁的岛屿，最初通常就是一之岛、二之岛和三之岛。
拥有了通行证，能够探索一之岛的全部区域，比如去灯火山山顶邂逅传说中的火焰鸟，或者去宝藏海滨捡拾各种有用的道具。紧接着，你可以乘船前往二之岛，那里有需要精灵笛才能叫醒的卡比兽挡路，解决了它才能继续探索，岛上还有能让宝可梦回忆遗忘技能的重要设施。而三岛通行证顾名思义，自然包含了前往三之岛的权限，在那里你需要进入树果森林解决事件，寻找失踪的小女孩，并会遇到一些挡路的训练师。这些岛屿不仅仅是一块新地图，它们串联起了一个独立的七岛剧情，充满了新的挑战和收集要素。
由于岛屿上的路线和关卡设计往往需要特定的秘传技才能通过，比如居合斩、碎岩术、冲浪术等，所以在出发前，最好确保你的队伍里有宝可梦掌握了这些关键技能，否则可能会寸步难行。岛屿上的野生宝可梦和训练师的等级相比关都大陆主流路线会有一定提升，建议在出发前将自己的主力队伍等级练得足够高，并带足各种恢复药品，以应对连续的战斗。在岛屿上推进剧情，特别是帮助网络中心的研究员寻找红宝石、蓝宝石等关键物品后，整个岛屿之间的通讯会完全恢复，你的通行证权限也可能会得到升级。在完成一系列岛屿任务后，最初的三岛通行证可以升级为彩虹通行证，从而解锁更多、更远的岛屿，比如四之岛、五之岛等，让你能够探索全部七个岛屿。
