保卫萝卜3时空秘境是一种特殊挑战模式，玩家需要在限定条件下完成塔防布局。该模式解锁条件是完成主线第20关，随后在主界面右下角会出现时空隧道图标，点击即可进入秘境挑战界面。系统会提供5个道具供选择，玩家只能选取其中3个进行关卡挑战，胜利后即可解锁后续内容。这种设计增加了游戏策略性和可玩性。
时空秘境的关卡设计强调战术搭配和资源管理。第8关需要保护名为圈圈的角色安全通过地图，面对爆炸气球和强力炮塔的威胁。建议选择攻速快的英雄如幸运兔搭配支援型英雄狂暴战士，后者应放置在走廊中央作为主要输出点。第12关则需合理运用回旋镖、风扇、鱼骨头和雪球等炮塔，开局在左上方放置回旋镖并升级，能同时清理多个区域的道具。
回旋镖具备范围攻击优势适合开局清理道具，电扇塔能有效应对密集敌人，雪球提供减速控制。每关都需要根据地形特点选择3-4种主力炮塔组合，优先升级核心输出单位。清理道具获取金币后要及时补充防御塔，在怪物出生点附近和路径转弯处重点布防，同时保留部分资源应对后期高强度敌人。
前期侧重道具清理和经济积累，中期完善防御体系，后期针对特殊怪物调整布局。传送怪出现时要在关键位置布置鱼骨头等单体高伤害炮塔，飞行怪需要设置对空单位。合理利用暂停功能调整布阵，观察敌人行进路线及时补强薄弱环节，保持输出与控制单位的平衡配置。
