稀有精灵的分布与捕捉是游戏进程中的重要环节。火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟作为传说中的三神鸟，分别位于灯火山顶层、无人发电厂深处以及双子岛洞穴内部。这些神兽等级较高且属性特殊，需提前准备克制属性的队伍和充足的高级球。火焰鸟为火+飞行属性，建议携带水系或岩石系精灵应对；闪电鸟的电+飞行属性弱点较少，但地面系技能可完全免疫其电系攻击；急冻鸟的冰+飞行属性惧怕岩石与电系技能，战斗中需注意其高特防特点。
除三神鸟外，超梦是游戏后期最具挑战性的传说精灵，需在通关后前往华蓝洞窟最深处寻找。其超能力属性搭配极高的种族值使其成为对战中的顶级战力，建议使用恶系或虫系技能克制，同时携带足够多的超球或大师球。游戏中期可通过特殊剧情在正辉家获得伊布，这种能进化成多种属性的稀有精灵通常仅在特定地点出现一次。狩猎原野区中隐藏着袋龙、肯泰罗等常规途径难以遇到的精灵，需合理利用原野球和步数限制机制。
部分稀有精灵需要通过特殊方式触发。卡比兽在游戏中会两次阻挡道路，需通过宝可梦笛子唤醒后捕捉，其高HP和普通属性使其成为优秀的坦克型精灵。月见山皮皮、野生原野区的迷你龙等精灵则依赖低概率随机遭遇，建议使用喷雾剂控制野生精灵等级以提高出现概率。游戏中的化石复活机制也提供了获取镰刀盔或菊石兽的途径，这两种远古精灵在通关后能发挥重要作用。
红莲岛废弃宅邸中的3D龙需要解谜获取钥匙后才能遇见，其独特的普通属性技能池具有战术价值。而七岛剧情中出现的乘龙、美洛耶塔等精灵往往需要完成特定任务。部分稀有精灵如吉利蛋仅在天王之路等后期区域出现，其高经验值对队伍培养很有帮助。游戏中的交换机制也能获取尼多兰等版本限定精灵，这类交换通常发生在枯叶市等主要城镇。
捕捉策略方面，针对不同稀有精灵需采用差异化准备。传说精灵建议携带刀背打技能的精灵控制血量，同步特性精灵可锁定理想性格。高逃跑率的精灵如凯西要优先使用黑色眼神或特性压制，而自杀技能精灵如雷电球需快速施加睡眠状态。游戏中期获得的闪光术、冲浪术等秘传技能是到达某些稀有精灵栖息地的必备条件，建议尽早获取。精灵状态异常尤其是睡眠或冰冻能显著提升捕捉率，但要注意部分精灵会携带解除异常的果实。
后期探索中，三圣柱等隐藏精灵需要完成石板解谜才可解锁，这类精灵往往位于特殊洞穴的尽头。游戏中的昼夜系统虽不影响精灵出现种类，但部分稀有精灵如猫头夜鹰仅在夜间更易出现。通关后的岛屿巡游是收集图鉴的关键阶段，各岛屿专属精灵如铁哑铃需要通过特定方式激活事件。完整收集所有稀有精灵需要对游戏地图进行全面探索，并合理运用冲浪、攀瀑等秘传技能突破地形限制。
