要开启光遇中的方舟魔法商店，首先需要完成魔法季先祖的六色流光任务。这六种光球分别分布在暮土沉船图、霞谷溜冰场、云野特定位置以及禁阁双人地道门内，收集齐全部光球后才能解锁魔法商店功能。任务完成后，前往墓土地图右侧乘坐小船即可抵达遗忘方舟地图，商店就位于沉船内部和甲板上。
魔法商店由主店和分店组成，主店位于沉船一层，桌面上有漂浮光球作为标识，出售矮人魔法、变大/变小魔法、漂浮魔法和发光魔法。分店则分为两处，一号分店在船舱一层的昏暗角落提供秋千魔法和篝火魔法，二号分店位于船舱二层甲板，售卖身高重塑和瞬间充能魔法。这些魔法道具都能显著改变角色状态或提供特殊能力。
每日登录游戏时可以在魔法商店领取免费魔法，每周轮换顺序固定：周一魔法烟花、周二光能药剂、周三星之璀璨、周四漂浮魔法、周五大只佬与小不点、周六长大成人与返老还童、周日彩虹魔法与体型药水。部分高阶魔法如身高重塑需要消耗较多蜡烛，建议优先购买实用性强的体型调整类和能量恢复类魔法。
魔法商店并非全天开放，需要注意其开放时间。在商店功能完全解锁后，还会开启隐藏的留言魔法功能，这需要先完成归巢季剧情任务二。音乐商店作为特殊区域则提供留影魔法指定地点兑换服务，需完成表演季剧情任务四才能使用。合理规划魔法使用顺序能显著提升探索效率。魔法季结束后仍可通过收集光球解锁商店功能，但季节限定物品将无法兑换。商店内所有魔法都具有时效性，建议根据当前探索需求选择性购买。部分区域如云巢·魔法商店需要完成归巢季季节任务八才能完全解锁全部功能，这需要分阶段完成相关任务线。
