在口袋奇兵后期阶段，兵种的选择直接影响战斗表现和资源投入效率。海军是目前综合表现最稳定的兵种，其克制陆军的特性在实战中具有显著优势，同时资源消耗相对可控，适合长期发展。陆军虽然体系完善但易被海军压制，空军则需要极高的培养成本，仅建议氪金玩家选择。
海军在后期的主要优势在于英雄体系的完整性和较低的养成门槛。紫色英雄西蒙与汉默的组合在过渡期即可提供稳定输出，而橙色英雄如尼米兹、贝塞尔等后期核心无需过多依赖专属技能即可发挥战力。海军对专属技能的依赖性较弱，专属技能碎片可通过活动稳定获取，这使得海军成为平民玩家和微氪玩家的首选。相比之下，陆军虽拥有喀秋莎等强力英雄，但面对海军克制时战损较高，而空军英雄如丹特虽强度可观，但专属技能和碎片获取难度极大。
资源分配是后期兵种选择的核心考量。海军兵种在科技升级、英雄培养和装备强化上的资源消耗较为均衡，金矿等级和建造优先度对海军发展的影响较小。陆军需要大量金币支持科技升级和兵种强化，但后期金币短缺问题会限制其发展速度。空军则完全依赖钻石和专属资源，普通玩家难以承受其长期投入。从实战角度看，海军的高速开火属性在PVP中能有效压制对手，而陆军和空军更依赖特定阵容搭配和战术调整。
英雄搭配是后期兵种强度的决定性因素。海军推荐使用基础型英雄搭配防御型或爆发型英雄，例如尼莫与浪花的组合能兼顾生存与输出。陆军需依赖喀秋莎与布莱德雷的羁绊效果提升战力，但羁绊加成的实际收益受专属技能等级限制。空军英雄如丹特和贝尔虽能提供高额增益，但获取成本过高且培养周期长。需三英模式开启后，海军仍能通过混搭英雄弥补短板，而陆军和空军的混搭效果较差。
后期阶段需根据自身资源储备和战斗需求调整兵种策略。海军在团战、远征和PVP中表现均衡，适合大多数玩家。陆军在特定场景如BOSS战中输出稳定，但需避免与海军正面冲突。空军仅推荐资源充足的玩家选择，其高成本投入与高风险特性需谨慎权衡。无论选择何种兵种，优先强化高速开火属性并合理分配天赋点数，是提升后期战力的通用原则。
