防守基地的核心在于合理配置舰载机编队，利用其机动性和火力优势形成有效防御。基地防御机库的配置直接影响战斗效率，因此选择适合的飞机类型至关重要。战斗机因其高机动性和对空优势成为首选，尤其是具备拦截能力的型号，能有效削弱敌方战机群的冲击力。轰炸机虽然对地输出强劲，但在纯防守场景中实用性较低，除非敌方大量使用攻城舰船。
防空型舰载机是基地防守的中坚力量，例如配备格斗火炮的轻型战斗机，能快速清理来袭敌机。这类飞机通常拥有较高的命中率和攻击频率，适合应对高速移动目标。支援型飞机在防守中的作用也不容忽视，其提供的护盾修复或干扰效果能延长防御单位的存活时间。但需注意，支援机本身火力薄弱，需搭配战斗机形成复合防御体系。
舰载机的技能选择同样影响防守效果。优先选择带有隐身突袭或贯穿打击等技能的机型，能在开局阶段打乱敌方阵型。部分特殊技能如电子干扰可降低敌方命中率，间接提升基地耐久。技能触发时机需要结合敌方舰队构成调整，例如面对航母编队时，优先激活对舰载机特攻技能。
实战中注意舰载机的编队搭配比例。建议采用3:1的战斗机与支援机组合，确保火力覆盖的同时保留辅助能力。过度依赖单一机型会导致防御漏洞，例如全战斗机编队可能被敌方重型舰船压制。防守舰队应定期根据战报调整配置，针对频繁出现的敌方舰船类型进行针对性优化。
